全国に発令されていた緊急事態宣言等が2021年9月30日をもって終了することを受けて、文部科学省は9月28日、小中学校や高校等の設置者に向けて留意事項を通知した。感染拡大への警戒を緩めることなく、引き続き感染症対策の徹底を継続するよう求めている。 政府は、緊急事態宣言の対象区域としていた19都道府県について、まん延防止等重点措置を経ずに9月30日をもって解除することを決定。8県に適用中のまん延防止等重点措置についても同時に終了する。この決定にともない、「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」を変更した。 これを受けて文部科学省は9月28日、小学校、中学校、高校等の設置者に向けて変更内容を通知した。緊急事態宣言の対象区域および重点措置区域の措置が終了することになるが、感染拡大への警戒を緩めることなく、引き続き感染状況に応じて、学校教育活動や部活動において「感染症対策を講じてもなお感染リスクが高い活動」を一時的に制限すること、不要不急の都道府県間の移動をともなう活動は極力控えること等、衛生管理マニュアル等に基づき感染症対策の徹底を継続するよう要請している。 変更後の対処方針における学校の取扱いでは、教職員に加え受験生のワクチン接種の配慮についても記載。希望する教職員や受験生へのワクチン接種が進むよう配慮を依頼している。また、大学入試や高校入試等については「実施者において、感染防止策や追検査等による受験機会の確保に万全を期したうえで、予定どおり実施する」と明記している。