緊急事態宣言の対象区域拡大を踏まえ、文部科学省は2021年1月14日、新型コロナウイルス感染症対策の徹底や留意事項について、小中高校や大学の設置者などに通知した。小中高にはチェックリストによる感染症対策の総点検、大学には感染対策徹底と学修機会確保の両立を求めている。 新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言の対象区域は、首都圏1都3県（埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県）に7府県（栃木県、岐阜県、愛知県、京都府、大阪府、兵庫県、福岡県）が追加された。 文部科学省では、各学校等（幼稚園・小学校・中学校・高校・特別支援学校・専修学校高等課程）、学校設置者、入学者選抜の実施者に向けて、1月14日付で感染症対策を一層徹底するよう通知を発出。「学校における新型コロナウイルス感染症に関する衛生管理マニュアル」などを踏まえ、地域の感染レベルに応じた感染症対策を徹底するよう求めている。特に高校については、小中学校と比較して感染が確認された事例が多いとし、「警戒度を高め、感染症対策を強化してほしい」としている。 また、「学校教育活動を継続するためのチェックリスト」も添付。登校後の体調不良者の早期発見、教職員が体調不良時に休みや受診しやすい環境整備の工夫、給食や弁当など飲食場面での対応など、7項目を示し、あらためて再点検するよう要請している。 大学や高等専門学校などの設置者に向けても1月14日付で通知を出し、感染対策の一層の徹底や、学生の学修機会の確保などに配慮を求めている。教職員の出勤については、1月8日付で通知を発出したとおり、緊急事態宣言の対象区域に属する大学や高等専門学校では、在宅勤務（テレワーク）やローテーション勤務の推進など、適切な対応を呼びかけている。
