東京科学大学とFRONTEOは2026年4月1日、東京科学大学横浜キャンパス内に「FRONTEO AI創薬エコシステム協働研究拠点」を開設し、4月27日には調印式を開いた。大学が有するPLOM-CON解析法やリシール細胞技術などの先端技術と、FRONTEOの方程式駆動型AI「KIBIT」を同一拠点で融合させ、仮説生成から実験検証まで一気通貫で実行できる体制を整え、日本発の創薬イノベーション創出を目指す。
東京科学大学とFRONTEOは、2022年より疾病構造解析および創薬ターゲット探索に関する共同研究を進めるなど、連携を深めてきた。これまでの成果をもとに、基礎研究から社会実装までの連携を本格化させるため、同拠点の開設に至った。
現在の創薬エコシステムを競争力のあるものにするためには、AIによる標的分子探索や仮説生成（ドライ研究）と、細胞や生体を用いた実験検証（ウェット研究）を有機的に結びつける必要がある。東京科学大学横浜キャンパス内に開設した「FRONTEO AI創薬エコシステム協働研究拠点」では、FRONTEOがAI「KIBIT」を用いた創薬標的分子候補の抽出および作用メカニズムの仮説構築（ドライ研究）を行い、東京科学大学が実験検証（ウェット研究）を迅速に実施する。さらに、実験結果を再びAI解析に還元することで、仮説生成と検証を循環させる「仮説検証ループ」を高水準で実現し、創薬成功確率の飛躍的な向上を目指す。
同拠点により、大学においては研究成果の社会実装へとつなげる仕組みの構築、製薬産業においては高度な作用機序理解や生体理解に基づく良質な創薬シーズの獲得、社会に対しては革新的な治療法・医薬品の創出という価値をもたらすことが期待されるという。
共同研究は、がん領域をはじめとするアンメット・メディカル・ニーズ（有効な治療方法が見つかっていない疾患における新しい治療薬や治療法などへのニーズ）の高い疾患領域を対象とする。研究において見出された有望な創薬シーズについては、導出（ライセンスアウト）も視野に入れた展開を検討する。また、研究において得られた発明などについては、FRONTEOが東京科学大学と協議のうえで、知的財産権の一部または全部の取得を検討する。
東京科学大学は、2026年1月に文部科学省より国際卓越研究大学に認定されるなど、日本を代表する研究機関の1つ。同学総合研究院 細胞制御工学研究センターの村田昌之特任教授らの研究グループは、細胞科学における革新的な先端技術を有している。
「PLOM-CON解析法」は、単一細胞内のタンパク質の量的変化および質的・時空間的（局在）変化に基づき、細胞状態を解明する技術。従来の静的解析が「点を見る」アプローチであるのに対し、PLOM-CONは「システム全体の揺らぎを見る」動的ネットワーク解析により、病気の初期（前兆）段階での細胞状態変化を検出し、新規標的の発見や作用機序の解明を可能にする。
「リシール細胞技術」は、細胞膜を一時的に開放し、内部のタンパク質や因子を物理的に置換したあと、再び膜を修復して新たな機能をもつ細胞を構築する技術。十数年かかる疾患の発症過程を実験室でその日に解析することが可能となる。
FRONTEOが提供するAI創薬支援サービス「Drug Discovery AI Factory（DDAIF）」は、「KIBIT」を中核エンジンとして、創薬研究者およびAIエンジニアの知見を融合したサービス。一般的な自然言語処理AIやナレッジグラフは、「AはBに関係」「BはCに関係」といった連続的なつながりから推論を行うが、この「連続的発見」のアプローチでは、研究者が求める新しい発見を導くことは困難。「KIBIT」は独自の方程式により、論文に直接記載されていない疾患と遺伝子の「非連続的」な関連性を予測することが可能であり、この技術は日本・米国・欧州で特許を取得している。
「DDAIF」のこれまでの実績として、すい臓がん研究において約2万のヒトの全遺伝子の中から、標的分子候補17遺伝子を抽出し、in vitro試験により6遺伝子ですい臓がん細胞の増殖抑制を確認している。また、従来約2年を要していた「標的探索」のプロセスを2日に短縮した。なお、Drug Discovery AI Factoryに使われている技術は、FRONTEOが日本および韓国、米国、欧州で計21件の特許権を取得している。
東京科学大学 総合研究院 細胞制御工学研究センター特任教授／FRONTEO AI創薬エコシステム協働研究拠点 拠点長の村田昌之氏は「FRONTEOの方程式駆動型AI『KIBIT』と出会い、私たちの細胞科学技術との融合に大きな可能性を感じてきました。本拠点で、ドライとウェット双方の卓越した研究者が日常的に議論し、発見を共有・検証し、次の仮説生成へとつなげていく。このループを回すことで、従来の創薬研究における不確実性との戦いを制し、創薬の成功確率を飛躍的に向上させる、次世代創薬のプロトタイプになると確信しています」とコメント。
FRONTEO 取締役／CSO（Chief Science Officer）／FRONTEO AI創薬エコシステム協働研究拠点 副拠点長の豊柴博義氏は「創薬研究におけるAIの活用が進む中、創薬の成功確率向上にはAIによる予測結果を細胞・動物実験で検証し、その結果を再びAI解析に反映するサイクルの高度化が不可欠です。東京科学大学の優れた研究者と協働し、両者の技術融合や新たな技術の創出・開発によりアンメット・メディカル・ニーズに応える創薬の加速に取り組めることを大変嬉しく思います。FRONTEOの自社創薬研究を推進するとともに、日本の創薬力強化に貢献し、『日本を再び創薬の地に』の理念の実現に努めてまいります」とコメントしている。
