新型コロナウイルス感染症のための緊急事態宣言が4都府県に発令されたことを受けて、文部科学省は幼稚園、小学校、中学校、高校、特別支援学校、専修学校高等課程（各学校等）および設置者に向けて、あらためて感染症対策を徹底するようお願いした。 東京都・京都府・大阪府・兵庫県の4都府県に、2021年4月25日から5月11日まで、新型コロナウイルス感染症のための緊急事態宣言が発出された。政府は、「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」を改訂。文部科学省は各学校等、設置者に向けて、改訂された基本的対処方針に基づき、あらためて新型コロナウイルス感染症対策を徹底するよう要請した。 改訂されたのは、新型コロナウイルス感染症対策の実施に関する重要事項のうち、「まん延防止」における学校等の取扱い。その中には、「文部科学省は、学校設置者および大学等に対して一律に臨時休業を求めるのではなく、地域の感染状況に応じた感染防止策の徹底を要請する」ことが明記されている。 幼稚園、小学校、中学校、高校等については、子供の健やかな学びの保障や心身への影響の観点から、「学校における新型コロナウイルス感染症に関する衛生管理マニュアル」等を踏まえた対応を要請。大学等については、感染防止と面接授業・遠隔授業の効果的実施等による学修機会の確保の両立に向けて適切に対応することを要請している。 このほか、各学校等、設置者においては、文部科学省が2021年1月8日付で通知した留意事項を踏まえて、感染症対策についての点検を行い、対策を一層徹底するよう求めた。緊急事態宣言の対象区域では、感染状況に応じて、学校教育活動や部活動において「感染症対策を講じてもなお感染リスクが高い活動」を一時的に制限することなど、感染症対策の強化を求めている。 日本国内での感染者の割合が増加しつつある変異株について、従来株と比べ、感染しやすい可能性があるとされている。児童生徒等もその例外ではないことから、極めて強い危機意識をもって対応していくよう要請。しかし、児童生徒等が重症化しやすいというエビデンスは得られておらず、児童生徒等が変異株に感染し死亡した事例はないことから、変異株への対策も従来と同様に、「3密の回避」「マスクの着用」「手洗い」等、基本的な感染対策の徹底が重要だとしている。
