2026年度（令和8年度）予算案の国立大学法人運営費交付金が、前年度比188億円増で閣議決定されたことを受けて、国立大学協会の藤井輝夫会長（東京大学総長）は2025年12月26日、コメントを発表した。国立大学法人化以来、初めての大幅増額を「極めて画期的なこと」と評価し、謝意と今後への決意を示した。
2026年度予算案については2025年12月24日、文部科学省の松本洋平大臣と財務省の片山さつき大臣が大臣折衝を行い、国立大学の運営費交付金を188億円増の1兆971億円とすることで合意。2026年度予算の政府原案として閣議決定された。
今回の予算額について、藤井会長は2004年度（平成16年度）の国立大学の法人化以降、毎年度削減が続き、第3期中期目標期間以降は前年度同額が続いていたことを振り返り、「これほどの大幅な増額が措置されたのは、法人化始まって以来初めてであり、極めて画期的なこと」とコメントした。
12月16日に成立した2025年度（令和7年度）補正予算についても、人件費への活用も可能な運営費交付金421億円など、「格別の予算措置がなされた」と評価。「こうした財政面での改善がなされたのは、国立大学に対して、温かいご理解とご支援を賜った関係者の皆様のご尽力の賜物であり、ここに衷心より感謝の意を表します」とした。
今後に向けては、「国立大学全体がわが国の発展を支える『知の拠点』たる国立大学システムとして、イノベーティブな日本社会の創造に資するよう不断の改革を進めて参る所存です」と決意を述べた。
