国立大学協会は2025年6月25日、学術総合センターで2025年度第1回通常総会を開き、新会長に東京大学の藤井輝夫学長を選出した。任期は2027年6月まで。
東京大学の学長が国立大学協会会長に就くのは、2013年まで務めた濱田純一氏以来12年ぶり。副会長には、北海道大学学長 寳金清博氏、広島大学学長 越智光夫氏、横浜国立大学学長 梅原出氏、琉球大学学長 喜納育江氏の4人を選出。過去最長の6年間にわたり会長を務めた筑波大学の永田恭介学長は顧問に就任する。
藤井氏は2021年4月1日付で東京大学の第31代総長に就任し、専門分野は応用マイクロ流体システム。総会後の記者会見では、「国立大学は、日本がこれまで作り上げてきた知の拠点である。国立大学システムをどのように活用し、世界のウェルビーイングに繋がっていくストーリーをどう描いていくかを考え、それらを具現化していくことにまずは取り組んで参りたい」と抱負を述べた。