文部科学省は2025年12月26日、学校基本調査「年次統計」における特別支援学校の取扱いに関する修正について公表した。「大学（学部）進学率」等の12の指標については、分母に特別支援学校の卒業者数を含めることとし修正、e-Statの「（参考資料）年次統計」には、修正後の最新版を掲載している。
文部科学省は、学校基本調査の参考資料として平成11年度から掲載している「年次統計」における「大学（学部）進学率」について、算出方法の分母に特別支援学校（中学部）の卒業者数が含まれていなかったことは不適切だったと明らかにした。
大学（学部）進学率は、分母を「3年前の中学校・義務教育学校・特別支援学校（中学部）卒業者及び中等教育学校前期課程修了者」とし、特別支援学校（中学部）の卒業者数を含めるところを除いて算出していた。修正した結果、全体として下方修正となり、修正幅がもっとも大きい2024年度では、大学進学率が59.1％から58.6％と0.5ポイント減となった。
今回、不適切な当該個所については、過去に遡って数値の修正を行うとともに、その経緯等について調査した。また、学校基本調査全体について、同様の不適切な扱いがないか確認し、必要な修正を行うとともに、学校基本調査以外の調査についても同様の取扱いがないか確認したとし、再発防止に向け、職員の意識向上・人材育成、統計業務の改善などに取り組むとしている。
