東京医科大学と巣鴨中学校・高等学校は2023年8月4日、高大連携協定を締結した。大学教育および中等教育・高等教育の活性化を図ることを目的としている。
東京医科大学は、1916年に東京物理学校（現東京理科大学）の教室を借りて、前身である東京医学講習所を設立。1918年には、高橋琢也、佐藤進、森林太郎（鷗外）、原敬、犬養毅、高橋是清、大隈重信、渋沢栄一など医学界、政界、財界の有志らの支援で、東京医学専門学校が設立。1946年に東京医科大学に昇格し、現在に至る。
巣鴨学園は、1910年に文学博士の遠藤隆吉が創立した私塾「巣園学舎」をはじまりとしている。硬教育（努力主義）による男子英才教育を実践して、今日に至る。
今回の東京医科大学と巣鴨中学校・高等学校の高大連携協定は、大学および中学・高校が相互の信頼関係に基づき、双方の教育および研究機能についての交流・連携を通じて、中学・高校の学生の視野を広げる。また、進路に対する意識や学習意欲を高めるとともに、大学教育が求める学生像および教育内容への理解を深め、教育・研究に寄与することで、大学教育および中等教育・高等教育の活性化を図ることを目的としている。
おもに「大学の授業科目への特別受講生の受入れ」「大学の各種公開講座への受講生の受入れ」「大学教員による中学・高校への出張講義」「教育および研究についての情報交換および交流」「その他、双方が協議し同意した事項」などを行うとしている。
