文部科学省は2021年11月30日、オミクロン株に対する水際措置の強化について各都道府県教育委員会等に周知した。オミクロン株に対する水際措置の強化に伴う留学生の入国停止についての留意点をまとめている。 今般、オミクロン株への緊急避難的対応として、「水際対策強化に係る新たな措置（20）」に基づき、予防的観点から当面1か月の間、水際措置の強化を講じることとなった。今回文部科学省が発出した事務連絡では、オミクロン株に対する水際措置の強化に伴う留学生の入国停止についての留意点をまとめている。 11月30日から12月31日までの期間、外国人の新規入国を停止する（既存の査証発給済者を含む）。ただし、11月30日午前0時（日本時間）前に外国を出発し、同時刻以降に到着した者は対象としない。 さらに、対象国・地域からの帰国者等に対する指定施設待機措置が追加となり、変異株の流入のリスクに応じて、検疫所長の指定する場所での待機を入国後10日間待機する場合、6日間待機する場合、3日間待機する場合に分かれる。10日間待機の場合、3日目、6日目、10日目の検査でいずれも陰性と判定された者は、検疫所が確保する宿泊施設を退所し、入国後14日目まで自宅等待機となる。 また、11月30日午前0時（日本時間）以降、有効なワクチン接種証明保持者に対する行動制限緩和措置に係る新規申請受付および審査済証の交付を停止する。12月1日午前0時（日本時間）以降の帰国者・再入国者等については行動制限緩和の対象としない。 アフリカの2か国（アンゴラ、モザンビーク）においては、感染症危険情報レベルがレベル2からレベル3（渡航は止めてください（渡航中止勧告））へと引き上がる。これにより、計162か国・地域が感染症危険情報レベル3となっている。
